Trọn Bộ Hướng Dẫn Thủ Tục Thuế Điện Tử: Từ Đăng Ký Đến Quyết Toán (Phần 1)

Thủ tục thuế điện tử đang trở thành xu hướng tất yếu giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và chi phí, đồng thời đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế. Với hệ thống thuế điện tử hiện đại, các bước từ đăng ký đến quyết toán được thực hiện trực tuyến qua cổng thông tin quốc gia hoặc eTax. Smarttax mang đến hướng dẫn toàn diện về thủ tục thuế điện tử, giúp kế toán trưởng dễ dàng nắm bắt và áp dụng. Bài viết này sẽ trình bày chi tiết từng bước, từ doanh nghiệp mới thành lập đến các hoạt động định kỳ, nhằm hỗ trợ bạn tối ưu hóa quy trình thuế.

1. Doanh nghiệp mới thành lập

1.1 Đăng ký thuế lần đầu cho doanh nghiệp mới thành lập

Thủ tục cấp mã số thuế cho doanh nghiệp khi thành lập đối với công ty, mã số thuế đồng thời là mã số doanh nghiệp (cấp qua hệ thống đăng ký kinh doanh liên thông với cơ quan thuế). Kế toán trưởng hoặc người được ủy quyền nộp hồ sơ đăng ký thuế điện tử ngay sau khi doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.

Việc nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu cho cơ quan thuế chỉ áp dụng với doanh nghiệp thuộc đối tượng đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.

Biểu mẫu sử dụng

• Tờ khai đăng ký thuế mẫu số 01-ĐK-TCT (đối với đăng ký tại cơ quan thuế);
• Giấy đề nghị đăng ký doanh nghiệp mẫu số 01 Thông tư số 68/2025/TT-BTC (đối với đăng ký thông qua cơ chế một cửa liên thông)

Thời hạn quy định

• Đối với NNT: trong 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy CN đăng ký Doanh nghiệp (hoặc giấy phép thành lập; quyết định thành lập đối với tổ chức không đăng ký Doanh nghiệp);
• Cơ quan thuế cấp mã số thuế (MST): Trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đăng ký thuế.

Lưu ý: Xử phạt vi phạm hành chính: Nếu doanh nghiệp chậm đăng ký thuế hoặc không đăng ký trong thời hạn quy định, sẽ bị phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền tùy theo mức độ chậm (Điều 10 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

1.2 Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

• Doanh nghiệp mới thành lập đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử phải thực hiện thủ tục đăng ký với cơ quan thuế về việc sử dụng hóa đơn điện tử.
• Thủ tục này giúp cơ quan thuế nắm được hình Thủ tục này giúp cơ quan thuế nắm được hình thức hóa đơn doanh nghiệp dùng (có mã, không có mã của cơ quan thuế) và thông tin nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn (nếu có).

Biểu mẫu sử dụng

Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT (Đăng ký/Thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử) và Mẫu 01/TB-ĐKĐT (Thông báo chấp nhận/từ chối đăng ký HĐĐT ban hành kèm theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP)

Quy trình thực hiện

Thời hạn quy định

• Doanh nghiệp mới thành lập phải thực hiện đăng ký sử dụng HĐĐT ngay khi bắt đầu sử dụng hóa đơn;
• Cơ quan thuế gửi Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký HĐĐT trong 01 ngày làm việc từ khi nhận được đăng ký của NNT (Nếu thông tin chưa khớp, thông báo từ chối sẽ gửi ngay hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo.

Trình tự thực hiện

• Bước 1. Chuẩn bị thông tin đăng ký: Xác định loại hóa đơn điện tử sẽ sử dụng HĐĐT có mã của cơ quan thuế, HĐĐT không có mã HĐĐT khởi tạo từ máy tính tiền; chọn hình thức gửi dữ liệu (qua nhà cung cấp dịch vụ hoặc trực tiếp trên cổng TCT)
• Bước 2. Nộp đăng ký hóa đơn: Đăng nhập trên Cổng dịch vụ công Quốc gia, Cổng thông tin hóa đơn điện tử (hoặc qua eTax -> Chức năng Hóa đơn điện tử). Điền các thông tin cần đăng kýloại hóa đơn, hình thức hóa đơn, hình thức gửi dữ liệu, phương thức chuyển dữ liệu, đơn vị cung cấp dịch vụ HĐĐT, v.v. Gửi Mẫu đăng ký sử dụng HĐĐT (Mẫu 01/ĐKTĐ HĐĐT) điện tử tới cơ quan thuế. Ký số xác nhận.
• Bước 3. Xử lý hồ sơ: Cơ quan thuế tiếp nhận đăng ký và phản hồi thông báo tiếp nhận tờ khai và trả thông báo kết quả trong vòng 1 ngày làm việc. Nếu đủ điều kiện, cơ quan thuế gửi Thông báo chấp nhận đăng ký HĐĐT (Mẫu 01/TB-ĐKĐT) qua hệ thống. Nếu bị từ chối (do thiếu thông tin hoặc không thuộc phạm vi phải đăng ký), sẽ có thông báo nêu lý do.

Trường hợp NNT thuộc diện rủi ro về thuế cao theo hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Tài chính theo thông báo của cơ quan thuế thì giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP.

• Bước 4. Kích hoạt sử dụng: Sau khi được chấp nhận, doanh nghiệp phối hợp nhà cung cấp dịch vụ HĐĐT để cấu hình hệ thống. Từ ngày đăng ký thành công, doanh nghiệp bắt đầu lập hóa đơn điện tử theo quy định.

Lưu ý: Xử phạt vi phạm hành chính: Doanh nghiệp phải có thông báo chấp thuận của cơ quan thuế trước khi phát hành hóa đơn điện tử. Trường hợp doanh nghiệp tự ý lập hóa đơn điện tử khi chưa đăng ký và chưa được chấp thuận sẽ bị coi là vi phạm (Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

1.3 Khai, nộp lệ phí môn bài lần đầu

Lệ phí môn bài là khoản thu nộp đầu năm dựa trên vốn điều lệ hoặc doanh thu. Hiện nay, doanh nghiệp không phải nộp tờ khai môn bài hàng năm. Chỉ trường hợp mới thành lập hoặc mới mở cơ sở phụ thuộc mới cần nộp tờ khai môn bài (nếu chưa được tự động cấp).

Trình tự thực hiện

Quy định chi tiết tại Điều 4, Điều 5 . Nghị định 139/2016/NĐ-CP.

Lưu ý: Xử phạt vi phạm hành chính: Nếu doanh nghiệp không nộp tờ khai môn bài đúng thời hạn (30/01 năm sau khi thành lập), sẽ bị xem là nộp hồ sơ khai thuế trễ hạn và có thể bị phạt tiền (Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

2. Doanh nghiệp đang hoạt động

2.1 Kê khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) định kỳ

Doanh nghiệp thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, theo phương pháp trực phải kê khai định kỳ hàng tháng, hàng quý hoặc từng lần phát sinh.

Biểu mẫu sử dụng

• Tờ khai GTGT mẫu 01/GTGT, 05/GTGT, 02/GTGT (khấu trừ) hoặc 03/GTGT, 04/GTGT (trực tiếp trên doanh thu).
• Các phụ lục 01-2/GTGT, 01-3/GTGT, 01-6/GTGT.

Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC

Thời hạn quy định

• Nếu kê khai theo tháng: hạn nộp tờ khai & tiền thuế là ngày 20 của tháng sau.
• Nếu kê khai theo quý: hạn là ngày 30 của tháng đầu quý sau. Nếu khai theo từng lần phát sinh, hạn là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.

Trình tự thực hiện

Lưu ý: Trường hợp trong kỳ không phát sinh hoạt động mua bán chịu thuế GTGT (không có hóa đơn đầu ra, đầu vào) thì vẫn phải nộp tờ khai GTGT (gọi là tờ khai trắng, ghi số 0 ở các chỉ tiêu doanh thu, thuế). Nếu doanh nghiệp không nộp tờ khai GTGT đúng hạn, sẽ bị phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định (Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

2.2 Kê khai Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tạm nộp hàng quý, quyết toán thuế TNDN

2.2.1 Kê khai thuế TNDN tạm nộp hàng quý

Căn cứ Khoản 3, Điều 1 Nghị định số 91/2022/NĐ-CP ngày 30/10/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, đề nghị sửa lại nội dung này như sau:

“Căn cứ Khoản 3, Điều 1 Nghị định số 91/2022/NĐ-CP ngày 30/10/2022 của Chính phủ, doanh nghiệp không phải nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tạm tính hàng quý.

Tuy nhiên, hàng quý, căn cứ vào báo cáo tài chính hoặc kết quả sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp phải tự xác định số thuế TNDN tạm nộp (bao gồm cả tạm phân bổ số thuế TNDN cho địa bàn cấp tỉnh nơi có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh, nơi có bất động sản chuyển nhượng khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính) để đảm bảo tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán năm.“

Lưu ý: Dù không phải gửi tờ khai thuế TNDN tạm tính hàng quý, doanh nghiệp vẫn phải nộp tiền đúng hạn. Trường hợp không nộp đủ 80% tiền thuế năm trước 30/10, phần thiếu sẽ bị tính tiền chậm nộp (Điều 59 Luật Quản lý thuế)

2.2.2 Quyết toán thuế TNDN

Kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp phải lập để xác định số thuế phải nộp cả năm, so sánh với số đã tạm nộp, từ đó xác định số thuế còn phải nộp thêm hoặc nộp thừa. Tờ khai quyết toán TNDN cũng là báo cáo quan trọng thể hiện tình hình kinh doanh và việc tuân thủ chính sách thuế của doanh nghiệp.

Biểu mẫu sử dụng

• Tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN ); các Phụ lục 03 kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC
• Báo cáo tài chính năm (nộp cho cơ quan thuế cùng thời hạn, có thể qua eTax hoặc qua cơ quan ĐKKD).

Thời hạn quy định

• Doanh nghiệp phải nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm (tờ khai quyết toán mẫu 03/TNDN kèm BCTC năm) trong 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. (Nếu năm tài chính trùng năm dương lịch, hạn chót thường là 31/3 năm sau).
• Trường hợp doanh nghiệp chia, sáp nhập, giải thể trong năm phải quyết toán thuế đến thời điểm xảy ra sự kiện đó, nộp hồ sơ quyết toán trong 45 ngày kể từ ngày có quyết định chấm dứt hoạt động.

Quy trình thực hiện

Lưu ý: Xử phạt vi phạm hành chính: Doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN không đúng hạn, khai sai, khai thiếu, hành vi trốn thuế sẽ bị xử phạt theo quy định (Điều 13, 16, 17 Nghị định 125, Điều 59 Luật Quản lý thuế).

2.3 Kê khai thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) theo tháng/quý, Quyết toán thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) năm, Đăng ký người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh (thuế TNCN)

2.3.1 Kê khai thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) theo tháng/quý

Doanh nghiệp khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ tiền lương, tiền công của nhân viên và từ các khoản chi trả cho cá nhân khác (như dịch vụ ngoài, thuê chuyên gia, v.v.) có trách nhiệm kê khai và nộp tờ khai thuế TNCN định kỳ.

Doanh nghiệp thuộc diện khai thuế TNCN theo tháng, theo quy định tại điểm a, khoản 1, Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, nếu đáp ứng đủ điều kiện khai thuế giá trị gia tăng theo quý theo quy định tại điểm a, khoản 1, Điều 9 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP (tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống) thì được lựa chọn khai thuế TNCN theo quý.

Biểu mẫu sử dụng

• Tờ khai thuế TNCN mẫu số 05/KK-TNCN.
• Các bảng kê 05-1/BK-TNCN (nếu cần).

Ban hành kèm TT 80/2021

Lưu ý: Tổ chức trả thu nhập chỉ phải kê khai khi có khấu trừ thuế. Nếu tháng/quý nào không phát sinh khấu trừ thuế TNCN (ví dụ không có nhân viên nào đến mức phải nộp thuế, hoặc không trả khoản nào chịu thuế trong kỳ) thì không phải nộp tờ khai cho kỳ đó. Tuy nhiên, cuối năm vẫn phải tổng hợp để quyết toán. Mọi trường hợp có khấu trừ thuế nhưng không kê khai đúng hạn đều bị phạt tương tự như chậm nộp hồ sơ khai thuế (Điều 13 .
Nghị định 125/2020)

2.3.2 Quyết toán thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) năm

Cuối năm, doanh nghiệp (tổ chức trả thu nhập) phải tổng hợp thu nhập cả năm đã trả cho cá nhân, số thuế đã khấu trừ, để quyết toán thuế TNCN. Doanh nghiệp có trách nhiệm quyết toán thay cho các cá nhân ủy quyền (thường là nhân viên chỉ có thu nhập tại doanh nghiệp đó), và cung cấp chứng từ cho cá nhân tự quyết toán (nếu họ có nhiều nguồn thu nhập).

Biểu mẫu sử dụng

Trình tự thực hiện

Thời hạn quan trọng

Quy trình xử lý của cơ quan Thuế

Sau khi bạn nộp hồ sơ, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra và xử lý theo quy trình dưới đây:

Thời gian xử lý cho Cá nhân

Trình tự thực hiện

Lưu ý: Xử phạt vi phạm hành chính: Doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán thuế TNCN không đúng hạn, khai sai, khai thiếu, hành vi trốn thuế sẽ bị xử phạt theo quy định (Điều 13, 16, 17 Nghị định 125, Điều 59 Luật quản lý thuế).

2.3.3 Đăng ký người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh (thuế TNCN)

Thủ tục đăng ký người phụ thuộc để tính giảm trừ gia cảnh thuế TNCN cho nhân viên doanh nghiệp. Kế toán doanh nghiệp thường thay mặt người lao động gửi đăng ký người phụ thuộc qua hệ thống thuế điện tử, nhằm cấp mã số thuế cho người phụ thuộc (nếu chưa có) và cập nhật vào hồ sơ quyết toán thuế TNCN

Biểu mẫu sử dụng

• Mẫu số 07/ĐK-NPT-TNCN theo Thông tư 80/2021/TT-BTC hoặc Mẫu số 20-ĐK-TCT theo Thông tư 86/2024/TT-BTC.
• Bản tổng hợp đăng ký thuế cho người phụ thuộc của cơ quan chi trả, theo Mẫu số 20-ĐK-TH-TCT.

Quy trình đăng ký NPTDN

Trình tự thực hiện

2.4 Kê khai các loại thuế/phí khác (thuế TTĐB, thuế tài nguyên, phí BVMT…)

2.4.1. Về thuế tiêu thụ đặc biệt

Căn cứ quy định tại khoản 1 và khoản 4, Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020, doanh nghiệp có phát sinh hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt phải thực hiện kê khai, nộp thuế TTĐB theo tháng hoặc kê khai, nộp thuế theo từng lần phát sinh.

Doanh nghiệp khai thuế TTĐB theo từng lần phát sinh trong các trường hợp như sau:

Biểu mẫu sử dụng

Thực hiện theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC, trong đó:

• 01/TTĐB và các phụ lục áp dụng đối với các hoạt động, trừ hoạt động sản xuất, pha chế xăng sinh học;
• 02/TTĐB áp dụng đối với hoạt động sản xuất, pha chế xăng sinh học.

Thời hạn quy định

• Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai theo tháng;
• Chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai theo từng lần phát sinh.

3. Kết luận

Phần 1 của hướng dẫn toàn diện về thủ tục thuế điện tử đã giúp bạn nắm vững nền tảng quan trọng nhất cho doanh nghiệp mới thành lập, từ đăng ký mã số thuế lần đầu, đăng ký hóa đơn điện tử đến khai nộp lệ phí môn bài ban đầu.

Những bước này không chỉ đảm bảo tuân thủ pháp luật mà còn mở ra cánh cửa cho hệ thống thuế điện tử hiện đại, giúp tiết kiệm thời gian và giảm thiểu lỗi sai trong giao dịch thuế hàng ngày. Với các cập nhật mới nhất năm 2025, như việc sử dụng tài khoản định danh điện tử VNeID mức 2 để đăng nhập eTax từ ngày 1/7/2025 theo Nghị định 69/2024/NĐ-CP, doanh nghiệp cần chủ động cập nhật để tránh gián đoạn thủ tục thuế điện tử.

Hãy áp dụng ngay những hướng dẫn chi tiết này để xây dựng nền tảng vững chắc cho hoạt động kinh doanh. Smarttax luôn đồng hành cùng bạn với công cụ hỗ trợ thủ tục thuế điện tử chuyên nghiệp, đảm bảo mọi giao dịch an toàn và hiệu quả. Phần 2 sắp tới sẽ đi sâu vào kê khai, nộp thuế định kỳ và quyết toán thuế TNDN, giúp bạn hoàn thiện quy trình thuế điện tử từ A đến Z. Theo dõi ngay để không bỏ lỡ!

Ngoài ra, Nếu bạn đang tìm kiếm một đối tác tin cậy để hỗ trợ vấn đề kế toán cơ bản đến nâng cao cho doanh nghiệp của bạn, hãy xem xét Smarttax – đối tác tin cậy với dịch vụ kế toán chất lượng cao và giải pháp toàn diện để giúp doanh nghiệp của bạn phát triển mạnh mẽ.

SMARTTAX – SỰ LỰA CHỌN THÔNG MINH CHO DOANH NGHIỆP CỦA BẠN

Smarttax tự hào là một trong số những công ty chất lượng hàng đầu tại khu vực TP.HCM và Đà Nẵng cung cấp dịch vụ hỗ trợ toàn diện cho doanh nghiệp. Với hơn 15 năm kinh nghiệm trong ngành kế toán, chúng tôi hiểu được việc kế toán thuế cần có sự hỗ trợ của các kế toán am hiểu chuyên môn và nhiều kinh nghiệm kỹ năng. 

Cùng đội ngũ Kế toán và Luật sư có chuyên môn cao, nhiều năm kinh nghiệm được đào tạo chuyên nghiệp, cống hiến hết mình với sứ mệnh hỗ trợ, đồng hành cùng doanh nghiệp trên quãng đường phát triển, Smarttax sẽ là người bạn đồng hành đáng tin cậy cho Doanh nghiệp của bạn.

Lựa chọn cho mình một dịch vụ kế toán thuế trọn gói uy tín chất lượng chính là tiền đề giúp doanh nghiệp tập trung vào công việc kinh doanh. Smarttax Đà Nẵng – Đại lý Thuế cung cấp dịch vụ kế toán – Thuế cam kết mang đến cho doanh nghiệp sự an tâm bền vững, sẽ trở thành hậu phương vững chắc góp phần công sức vào sự thành công của doanh nghiệp trong tương lai gần nhất. Bên cạnh các dịch vụ kế toán Thuế, dịch vụ đăng ký kinh doanh… hỗ trợ doanh nghiệp tại Smarttax. Hãy tham gia hệ sinh thái khởi nghiệp trong hệ thống Smarttax bao gồm:

• eSmart: là đơn vị hàng đầu trong việc cung cấp các dịch vụ hỗ trợ doanh nghiệp khởi nghiệp tại Việt Nam. eSmart luôn đồng hành và hỗ trợ Doanh nghiệp trên con đường kinh doanh thông qua các giải pháp thiết thực từ những dịch vụ cung cấp: Cho thuê văn phòng chia sẻ, chỗ ngồi làm việc cố định, co-working space, phòng làm việc riêng…..
• Smartband: dịch vụ thiết kế bộ nhận diện thương hiệu (Brand Identity) cho doanh nghiệp bao gồm: bộ nhận diện thương hiệu cốt lõi, bộ nhận diện thương hiệu văn phòng, bộ nhận diện thương hiệu marketing cho doanh nghiệp….
• eConnect: eConnect là tổ chức kết nối kinh doanh do eSmart thành lập dành cho các thành viên là doanh nghiệp cùng chia sẻ kiến thức, cùng phát triển và cùng thành công trên chặng đường lập nghiệp.

Với kinh nghiệm hơn 15 năm cung cấp các dịch vụ kế toán thuế trọn gói, đăng ký kinh doanh, bảo hiểm xã hội,… Smarttax luôn sẵn lòng tư vấn tận tâm, đáp ứng kịp thời mọi nhu cầu của khách hàng. Quý khách cần giải đáp bất kỳ thắc mắc nào, hãy liên hệ trực tiếp với chúng tôi để được hỗ trợ nhanh nhất tại:

SMARTTAX – HẬU PHƯƠNG VỮNG CHẮC CHO SỰ THÀNH CÔNG CỦA DOANH NGHIỆP
Hotline: 1900 1578
Email: info@smattax.vn
Trụ sở: Tầng 7, Tòa nhà Centre Point, 106 Nguyễn Văn Trỗi, Phường Phú Nhuận, Tp Hồ Chí Minh.
Chi nhánh: Tầng 8, Hilton Đà Nẵng, 50 Bạch Đằng, Phường Hải Châu, Tp Đà Nẵng.
Website: www.Smarttax.vn