Doanh nghiệp dùng 2 hệ thống sổ kế toán bị phạt như thế nào?

Năm 2026, cơ quan thuế tiếp tục tăng cường kiểm tra và xử lý các hành vi gian lận thuế. Một trong những hành vi được đặc biệt cảnh báo là doanh nghiệp sử dụng song song hai hệ thống sổ kế toán nhằm che giấu doanh thu thực tế và giảm số thuế phải nộp.

Theo Công văn 1902/CT-CĐS năm 2026, Cục Thuế yêu cầu các đơn vị phối hợp ngăn chặn tình trạng doanh nghiệp sử dụng phần mềm để vận hành đồng thời nhiều hệ thống sổ kế toán tài chính, gây thất thu ngân sách nhà nước. Vậy doanh nghiệp dùng 2 hệ thống sổ kế toán bị phạt như thế nào? Cùng Smarttax tìm hiểu chi tiết dưới đây.

1. Công văn 1902/CT-CĐS năm 2026 cảnh báo hành vi sử dụng hai hệ thống sổ kế toán

Theo Công văn 1902/CT-CĐS năm 2026, qua công tác quản lý và phối hợp với các cơ quan bảo vệ pháp luật, Cục Thuế phát hiện vẫn còn nhiều doanh nghiệp:

• Sử dụng phần mềm để vận hành đồng thời từ hai hệ thống sổ kế toán trở lên.
• Một hệ thống dùng để kê khai với cơ quan thuế.
• Một hệ thống nội bộ ghi nhận đầy đủ doanh thu thực tế.
• Mục đích nhằm giảm doanh thu tính thuế, giảm nghĩa vụ thuế phải nộp.

Đây được xác định là hành vi gian lận thuế nghiêm trọng, có thể bị xử lý hành chính, truy thu thuế và truy cứu trách nhiệm hình sự.

1.1 Hành vi lập hai hệ thống sổ kế toán có bị cấm không?

Có.

Khoản 10 Điều 13 Luật Kế toán 2015 quy định rõ:

Nghiêm cấm việc lập từ hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên hoặc công bố các báo cáo tài chính có số liệu không thống nhất trong cùng một kỳ kế toán.

Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp chỉ được tồn tại một hệ thống sổ kế toán hợp pháp, phản ánh trung thực tình hình tài chính.

1.2 Vì sao doanh nghiệp lập hai hệ thống sổ kế toán?

Trên thực tế, hành vi này thường nhằm:

• Giấu doanh thu thực tế.
• Giảm số thuế GTGT phải nộp.
• Giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Hợp thức hóa chi phí.
• Trốn nghĩa vụ tài chính với Nhà nước.

Đây là hành vi thuộc nhóm trốn thuế theo Luật Quản lý thuế.

2. Doanh nghiệp dùng 2 hệ thống sổ kế toán bị phạt như thế nào?

Việc sử dụng hai hệ thống sổ kế toán có thể kéo theo đồng thời nhiều chế tài gồm:

• Xử phạt vi phạm kế toán.
• Xử phạt hành vi trốn thuế.
• Truy thu toàn bộ số thuế thiếu.
• Tính tiền chậm nộp.
• Truy cứu trách nhiệm hình sự nếu đủ yếu tố cấu thành.

2.1 Xử phạt vi phạm về kế toán

Theo điểm b khoản 4 Điều 9 Nghị định 41/2018/NĐ-CP:

Đối với cá nhân

Phạt tiền từ:

20.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng

đối với hành vi:

• Để ngoài sổ kế toán tài sản;
• Để ngoài sổ kế toán nợ phải trả;
• Chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.

Ngoài tiền phạt còn buộc:

• Bổ sung đầy đủ các nghiệp vụ vào sổ kế toán.

Đối với tổ chức

Theo Điều 6 Nghị định 41/2018/NĐ-CP (được sửa đổi), mức phạt đối với tổ chức gấp 02 lần cá nhân, tức:

40.000.000 đồng đến 60.000.000 đồng.

2.2 Xử phạt hành vi trốn thuế

Theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp không ghi nhận doanh thu trên sổ kế toán để xác định số thuế phải nộp sẽ bị xử phạt theo mức sau:

Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp còn phải:

• Nộp đủ số thuế trốn.
• Nộp tiền chậm nộp.
• Điều chỉnh hồ sơ thuế.
• Điều chỉnh số lỗ và số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ (nếu có).

2.3 Có bị truy thu thuế không?

Có.

Ngay cả khi hành vi đã hết thời hiệu xử phạt hành chính, doanh nghiệp vẫn phải:

• Nộp đủ số thuế đã trốn.
• Nộp tiền chậm nộp theo quy định.

Do đó, doanh nghiệp không thể tránh nghĩa vụ tài chính chỉ vì đã hết thời hiệu xử phạt.

3. Khi nào doanh nghiệp bị truy cứu trách nhiệm hình sự?

Điểm đ khoản 1 Điều 221 Bộ luật Hình sự quy định:

Người lợi dụng chức vụ, quyền hạn để lập từ hai hệ thống sổ kế toán trở lên nhằm bỏ ngoài sổ kế toán tài sản, nguồn vốn hoặc kinh phí của đơn vị kế toán có thể bị xử lý hình sự.

3.1 Khung hình phạt cơ bản

Nếu gây thiệt hại:

• Từ 100 triệu đồng đến dưới 300 triệu đồng, hoặc
• Dưới 100 triệu đồng nhưng đã từng bị xử lý kỷ luật về hành vi này,

thì bị:

• Cải tạo không giam giữ đến 03 năm; hoặc
• Phạt tù từ 01 năm đến 05 năm.

3.2 Khung hình phạt tăng nặng

Phạt tù từ 03 năm đến 12 năm nếu thuộc một trong các trường hợp:

• Có tổ chức;
• Vì vụ lợi;
• Dùng thủ đoạn tinh vi;
• Gây thiệt hại từ 300 triệu đồng đến dưới 1 tỷ đồng.

3.3 Khung hình phạt đặc biệt nghiêm trọng

Nếu gây thiệt hại từ: 1 tỷ đồng trở lên

thì người phạm tội có thể bị:

• Phạt tù từ 10 năm đến 20 năm.

Ngoài ra còn có thể bị:

• Cấm đảm nhiệm chức vụ từ 01 đến 05 năm;
• Cấm hành nghề;
• Tịch thu một phần hoặc toàn bộ tài sản.

4. Trách nhiệm của người nộp thuế theo Luật Quản lý thuế

Điều 17 Luật Quản lý thuế 2019 quy định người nộp thuế có trách nhiệm:

• Đăng ký thuế đúng quy định.
• Khai thuế trung thực, chính xác.
• Ghi chép đầy đủ sổ sách kế toán.
• Chịu trách nhiệm trước pháp luật về toàn bộ hồ sơ thuế đã kê khai.

Bên cạnh đó, Điều 143 Luật Quản lý thuế xác định hành vi không ghi chép doanh thu trong sổ kế toán là một trong những hành vi trốn thuế.

5. Doanh nghiệp cần làm gì để tránh vi phạm?

Để hạn chế rủi ro pháp lý và thuế, doanh nghiệp nên:

• Chỉ sử dụng một hệ thống sổ kế toán thống nhất.
• Sử dụng phần mềm kế toán hợp pháp.
• Ghi nhận đầy đủ doanh thu, chi phí phát sinh.
• Đối chiếu dữ liệu giữa hóa đơn điện tử, ngân hàng và kế toán.
• Thường xuyên rà soát hồ sơ thuế trước khi quyết toán.
• Tham khảo ý kiến đơn vị tư vấn thuế khi phát hiện sai sót.

Việc chủ động tuân thủ sẽ giúp doanh nghiệp tránh các khoản truy thu lớn, xử phạt hành chính và nguy cơ bị xử lý hình sự.

Kết luận

Việc doanh nghiệp dùng 2 hệ thống sổ kế toán là hành vi bị pháp luật nghiêm cấm và được cơ quan thuế tăng cường kiểm tra trong năm 2026. Ngoài việc bị xử phạt hành chính từ 40 – 60 triệu đồng đối với tổ chức trong lĩnh vực kế toán, doanh nghiệp còn có thể bị phạt đến 3 lần số thuế trốn, truy thu toàn bộ số thuế thiếu, tính tiền chậm nộp và trong trường hợp nghiêm trọng còn bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 221 Bộ luật Hình sự.

Do đó, doanh nghiệp cần xây dựng hệ thống kế toán minh bạch, ghi nhận đầy đủ doanh thu và thực hiện đúng quy định của pháp luật để giảm thiểu rủi ro trong quá trình hoạt động.